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孙机的学术成就，主要反映在古器物鉴定与研究、科技史、古代车制与服装、中外文化交流等4个方面。他不仅仅研究文物的名称、形制和工艺特点，还将它们还原到历史中，特别是还原到古代社会生活里，探求文物背后的历史和文化变迁，透过文物看到古人的精神世界。
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研究团队使用调控网络的数学模型来模拟大肠杆菌中单个基因的暂时失活和随后的再激活。他们发现这些瞬态扰动会产生持久变化，预计这些变化能遗传几代。该团队目前正在实验室中使用CRISPR变体来验证他们的模拟，该变体可暂时而不是永久地使基因失活。
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