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蛋白质设计的核心挑战之一是从氨基酸序列预测蛋白质的三维结构及其功能。由于蛋白质的氨基酸组成极其复杂，即使是微小变化也会导致成千上万种不同的可能性。因此，传统实验方法难以高效完成。鉴于此，团队结合了大型语言模型（LLM）和超级计算机的强大算力。
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该研究被Cell选为重点推荐论文，是国际首个古代奶制品遗存宏基因组研究。从距今约3500年的3例古老奶酪样本中提取出较高质量的开菲尔乳酸菌（Lactobacillus kefiranofaciens）基因组，发现其形成不同于欧洲菌株的分支，揭示开菲尔乳酸菌的另一独立的、东亚内陆传播路线；且通过探索开菲尔乳酸菌适应性演化历程，厘清新疆塔里木盆地古人群的生活方式，技术文化的交流和发展，及在进化时间尺度上开菲尔乳酸菌与人群协同演化、互利共生的分子机制。
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