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薛其坤非常看重对学生的培养。清华大学物理系教授肖志刚说，碰到写文章不太认真的学生，薛老师会要求学生反复修改论文，且每一个版本都发给他，他会一一对照其中的差别；学生科研遇到困难，他又会及时鼓励，并给他们送去指导。这些年来，薛其坤率领的团队成员或培养的学生中有1人当选中国科学院院士，30余人次入选国家级人才计划。
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2020年，敦煌研究院文物数字化研究所申报并立项莫高窟第130窟的整窟数字化保护项目。“第130总高28.2米，壁画面积超过1500平方米，窟内还有一尊26米高的佛像，不仅体量大，墙面曲度还高，为精确拍摄到壁画和佛像细节，团队进一步改良设备，前后共投入4个组16人，历时2年多完成采集工作。”俞天秀说。
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