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在实验室二期内进行的研究，早已不局限于暗物质。如今，清华大学中微子、生态环境部·北师大联合实验、华西深地医学、工信部电子五所等10个项目组进驻，既开展暗物质、中微子、核天体物理等最前沿课题实验，也在深地岩体力学、深地医学等方面进行研究。
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金书秦建议，要加快以调查、监测、评估技术为重点的联合攻关，完善农业面源污染监测体系，加强小流域尺度的农业面源污染形成机理研究；针对源头减量、过程拦截、末端治理等环节，研发优化化肥农药减量增效、污染阻滞降解、农业废弃物资源化利用等技术，不断提高科学治污水平。
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