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在庙底沟文化时期，聚落数量与规模也较之前有比较大的变化。如渭河流域的关中，仰韶时代遗址达1300处，其中庙底沟文化遗址占了大部分。聚落的规模也从数万平方米到几十万平方米不等，高陵杨官寨遗址总面积甚至约100万平方米；其中环壕所围区域面积达24.5万平方米，环壕的周长约1945米，壕宽9米-13米，深2米-4米。挖掘这样规模的环壕，所形成的土方量达11万立方米，考古学家王炜林认为，“这等规模的工程单靠杨官寨一个聚落的居民是难以完成的。这与之前半坡文化姜寨遗址2万多平方米的环壕聚落形成了鲜明的对比，反映出当时的社会已经出现等级分化，具备了一定的社会动员能力”。晋南地区也经历了类似的变化。
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该图谱首次将祖父母代的短距离非交叉改组纳入考量。这类改组由于DNA序列的高度相似性，而一直难以被检测。此外，图谱还辨识出一些未经历显著改组的DNA区域。这些区域可能对保持关键遗传功能或避免染色体异常起到保护作用。这一发现有助于更深入地理解某些妊娠失败的原因，并揭示了基因组如何在多样性和稳定性之间取得平衡。
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