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在科学层面，SKA肩负着人类认识宇宙和基本物理规律的一些重大科学探索任务。例如，尝试揭示宇宙第一代发光天体的诞生、揭开“宇宙黑暗时代”的科学谜团；以宇宙中最丰富的元素——氢为信使，绘制最大的宇宙三维结构图；探求暗能量、暗物质的基本性质；发现银河系中几乎所有的脉冲星，并用于精确检验引力理论；通过对大量毫秒级脉冲星的精准测时，直接探测来自星系中心的超大质量黑洞所产生的引力波；探求宇宙磁场的起源；探索宇宙生命的起源、寻找地外文明以及探索其他未知领域等。
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