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据了解，“卓青项目”采用专家推荐制。推荐专家应是在其学科领域内具有较高学术影响力和社会影响力的院士、学部委员等。每位专家至多推荐3名候选人，每位候选人由3名（含）以上相同领域专家推荐。由项目申请人所在高校统一申报。
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