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出土文物显示，三星堆遗址与中原地区、西北地区、长江中游地区存在密切的互动交流，是中华文明多元一体格局的重要见证——在三星堆遗址发现了与中原地区相似的玉牙璧形饰、玉斗笠状器和玉牙璋，与草原地带相关的铜耳饰，跟甘青地区相关的玉琮，与长江中游地区相似的玉人像等器物，再次印证了三星堆遗址及其所代表的古蜀文明是中华文明的重要组成部分。西北大学文化遗产学院教授王立新说，三星堆遗址新出土的铜耳饰是安德罗诺沃文化标志性的装饰品，这种耳饰在我国西到甘肃的四坝文化，东到辽西的夏家店下层文化都有发现。这是它首次出现在巴蜀地区，显示三星堆遗址和遥远的中亚、南西伯利亚应该有联系。
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新疆小河墓地出土的“奶酪”样本是迄今发现最早的奶酪制品，且在此前通过古蛋白质组学被鉴定为开菲尔奶酪，源自开菲尔酸奶，由开菲尔粒（类似酒曲）在奶中发酵而成；该研究2014年发表在国际科技考古旗舰期刊《Journal of Archaeological Science》，并获得Nature研究亮点报道。之后，研究团队开展了历时11年的古DNA提取、分析和阐释；尤其是付巧妹团队自主设计乳酸菌全基因组位点探针，从仅含有 0.43-0.55%乳酸菌的开菲尔奶酪样本中捕获富集到64-80%的乳酸菌，使得第一例古代全基因组研究成为可能。
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