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蛋白质通常由20种不同的氨基酸组成，这些氨基酸如同组成生命的“积木”。2003年，贝克利用氨基酸“积木”，成功创造出一种前所未有的新蛋白质，开启了构建蛋白质的大门。构建全新蛋白质，被称为“从头设计”。而贝克团队构建氨基酸“积木”的功臣，是他们开发的名为Rosetta的计算软件。他们首先绘制了一种全新结构的目标蛋白质，然后从已知结构的蛋白质数据库中寻找与目标结构相似的短蛋白质片段；随后，Rosetta利用蛋白质能量图的基本知识，优化这些片段，给出了最终的氨基酸序列。
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