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彼时RUSH系统仍然面临一系列瓶颈，包括如何利用二维传感器实现高速三维成像、如何避免激光长时间照射所引起的细胞损伤（即光毒性）从而实现长时程高速观测、如何克服复杂成像环境导致的光学像差与背景干扰、如何提升弱光条件下的成像信噪比、如何高效处理大规模介观数据等。“每一项技术瓶颈本身都是生物医学成像领域的国际难题，而如何在同一系统上同时解决这些活体成像壁垒，是一个更为艰巨的挑战。”戴琼海介绍。
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此外，异种器官移植还存在功能学方面的问题。例如，猪肾排尿量惊人，不仅需要患者大量饮水，还容易导致其脱水。猪肾移植后患者可能容易出现酸碱失衡或电解质异常，需要定期监测和及时调整。此外，猪肾产生的促红素仅适用于猪体，患者需定期补充人体促红素以避免贫血。对于猪心脏移植来说，其是否能满足人类行动和运动需求也尚待研究。
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