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研究结果显示，108周龄组的蛋壳厚度、破壳强度、断裂韧性和刚度显著降低。超微结构的变化主要涉及乳头层比例增加和蛋壳有效层厚度减小，这在108周龄组中尤为明显。然而，不同周龄组间的蛋壳成分未见显著差异。蛋白质组学分析发现，38周龄组和108周龄组蛋壳中有76种差异表达蛋白，包括与生物矿化、钙离子结合、免疫，以及蛋白质合成和折叠相关的蛋白。
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在动物遗存上，目前已鉴定出5纲38种。除部分家猪外，其余均为野生动物，表明当时的先民以渔猎为主，饲养家畜为辅。在植物遗存上，地层中水稻壳和芡实壳堆积大面积分布，依据现有鉴定结果和统计数据初步分析，草堰港遗址出土的水稻遗存为栽培稻，稻米和穗轴都表现出明确的驯化稻特点。
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