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“欧罗巴快船”的探测重点则有所区分，主要聚焦于木卫二上。科学家发现，木卫二的含水量可能相当于地球海洋总和的两倍，而木卫一、木卫三对它的潮汐加热作用，使其内部海洋保持液态形式，适合生命的存在。按照计划，“欧罗巴快船”将不会长时间环绕木卫二飞行，而是围绕木星轨道时飞越该卫星近50次，并逐步构建起木卫二的全球扫描图，探测器上搭载的磁场仪器将精准测定海洋的深度和盐度；质谱仪则能够“品尝”喷流物质并分析其成分；地面穿透雷达将穿透冰壳探测水体的存在；红外仪器将扫描表面以搜寻有机物质的蛛丝马迹并进行热成像。NASA明确表示，木卫二的海洋深处是否存在可能支持生命的环境，是此次“欧罗巴快船”任务的核心目标。

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