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当前，靶向蛋白降解技术在肿瘤治疗领域的应用最为广泛，研究人员开发了雄激素受体、雌激素受体、布鲁顿酪氨酸激酶等“热点”靶点，可针对淋巴瘤、前列腺癌、乳腺癌、肺癌等进行治疗。此外，针对阿尔茨海默病、帕金森病等神经退行性疾病，以及特应性皮炎等炎症性疾病，研究人员也已开发出相对成熟的靶点。
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在癌细胞分裂过程中，ecDNA的遗传方式与传统的孟德尔遗传规律相悖。ecDNA在细胞分裂时并不是随机分配给子细胞，而是作为一个整体被传递下去，这增加了肿瘤内细胞获得正确ecDNA组合的可能性，肿瘤内细胞因此更容易产生耐药性。
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