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在教学过程中，他发现传统讲解法效果不佳。新手操作时定位不准，首次着箱需10分钟，而正常生产速度要求2-3分钟完成一个集装箱的完整吊装。为解决这一问题，他决定自制龙门吊模型辅助教学。他把宿舍改造成工坊，利用数控技术特长，精心设计制作。4个月后，初代模型诞生，可助力学生理解基本操作原理。
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蛋白质通常由20种不同的氨基酸组成，这些氨基酸如同组成生命的“积木”。2003年，贝克利用氨基酸“积木”，成功创造出一种前所未有的新蛋白质，开启了构建蛋白质的大门。构建全新蛋白质，被称为“从头设计”。而贝克团队构建氨基酸“积木”的功臣，是他们开发的名为Rosetta的计算软件。他们首先绘制了一种全新结构的目标蛋白质，然后从已知结构的蛋白质数据库中寻找与目标结构相似的短蛋白质片段；随后，Rosetta利用蛋白质能量图的基本知识，优化这些片段，给出了最终的氨基酸序列。
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