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研究结果显示，108周龄组的蛋壳厚度、破壳强度、断裂韧性和刚度显著降低。超微结构的变化主要涉及乳头层比例增加和蛋壳有效层厚度减小，这在108周龄组中尤为明显。然而，不同周龄组间的蛋壳成分未见显著差异。蛋白质组学分析发现，38周龄组和108周龄组蛋壳中有76种差异表达蛋白，包括与生物矿化、钙离子结合、免疫，以及蛋白质合成和折叠相关的蛋白。
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在庙底沟文化时期，聚落数量与规模也较之前有比较大的变化。如渭河流域的关中，仰韶时代遗址达1300处，其中庙底沟文化遗址占了大部分。聚落的规模也从数万平方米到几十万平方米不等，高陵杨官寨遗址总面积甚至约100万平方米；其中环壕所围区域面积达24.5万平方米，环壕的周长约1945米，壕宽9米-13米，深2米-4米。挖掘这样规模的环壕，所形成的土方量达11万立方米，考古学家王炜林认为，“这等规模的工程单靠杨官寨一个聚落的居民是难以完成的。这与之前半坡文化姜寨遗址2万多平方米的环壕聚落形成了鲜明的对比，反映出当时的社会已经出现等级分化，具备了一定的社会动员能力”。晋南地区也经历了类似的变化。
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