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钻探过程中，先利用清洁热水钻透冰下湖上方约3000—3400米厚的冰层，并严格监控钻进过程中的微生物污染问题，确保钻进用水清洁；当钻至预定位置后，停止向下钻进并向上回收热水钻，再下放消毒后的中继舱和可回收式冰层热融探测器至热水钻孔底部；随后启用探测器热融钻进剩余几百米冰层。在这过程中，探测器上方热融钻孔闭合，以隔离热水钻孔与冰下湖，直至探测器完全进入冰下湖完成取样及观测。最后，探测器向上钻进返回热水钻孔，进而返回冰面。
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