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与泛素-蛋白酶体系统主要降解可溶性、短寿命的单体蛋白质不同，溶酶体降解系统主要降解长寿命蛋白质、蛋白质聚集体、入侵的细菌和病毒以及受损的细胞器等，是相对较大的“垃圾站”。基于溶酶体降解系统，靶向蛋白降解药物像是一辆垃圾车，将致病蛋白打包装好，运送到溶酶体“垃圾站”进行分解。
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