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研究团队使用调控网络的数学模型来模拟大肠杆菌中单个基因的暂时失活和随后的再激活。他们发现这些瞬态扰动会产生持久变化,预计这些变化能遗传几代。该团队目前正在实验室中使用CRISPR变体来验证他们的模拟,该变体可暂时而不是永久地使基因失活。
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团队采用了名为RFdiffusion的技术来创建含有复杂催化位点的蛋白质,并使用PLACER评估这些蛋白质的活性位点组织情况。最终,他们成功设计出了功能性丝氨酸水解酶,这些酶仅需最小化的活性位点规范就能有效地催化酯水解反应。此外,这种方法还在低通量筛选过程中发现了5种全新的酶折叠方式,这些方式不同于任何已知的天然丝氨酸水解酶中的折叠,极大地扩展了这一古老酶家族的结构多样性。
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