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彼时RUSH系统仍然面临一系列瓶颈，包括如何利用二维传感器实现高速三维成像、如何避免激光长时间照射所引起的细胞损伤（即光毒性）从而实现长时程高速观测、如何克服复杂成像环境导致的光学像差与背景干扰、如何提升弱光条件下的成像信噪比、如何高效处理大规模介观数据等。“每一项技术瓶颈本身都是生物医学成像领域的国际难题，而如何在同一系统上同时解决这些活体成像壁垒，是一个更为艰巨的挑战。”戴琼海介绍。
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此外，海洋也是一个巨大的微生物库。徐建国提到，过去科学家们很少关注深海微生物，现在对这一领域的研究已经逐步深入。他说：“最近，我国科学家在南极的标本中就发现了16万余种新的RNA病毒，而我们现在研究的病毒种类只有1万多种。这说明我们周围存在着巨量的未知微生物，可能会影响我们的生活。”有些微生物可能是有益的，比如可以作为药品帮助人类治病；而有些微生物则可能随着海洋生物的流动传播到其他地方，引发新的传染病。
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