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新疆小河墓地出土的“奶酪”样本是迄今发现最早的奶酪制品，且在此前通过古蛋白质组学被鉴定为开菲尔奶酪，源自开菲尔酸奶，由开菲尔粒（类似酒曲）在奶中发酵而成；该研究2014年发表在国际科技考古旗舰期刊《Journal of Archaeological Science》，并获得Nature研究亮点报道。之后，研究团队开展了历时11年的古DNA提取、分析和阐释；尤其是付巧妹团队自主设计乳酸菌全基因组位点探针，从仅含有 0.43-0.55%乳酸菌的开菲尔奶酪样本中捕获富集到64-80%的乳酸菌，使得第一例古代全基因组研究成为可能。
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周口店很快成为科学的圣地，裴文中等学者在这里开展的早期工作，奠定了我国古人类学、旧石器时代考古学、第四纪地质学和哺乳动物学的基础。裴文中对遗址出土石英片的实验模拟和痕迹观察，开启了打制实验和微痕分析的先河。他对周口店第13地点、第1地点、第15地点和山顶洞出土的石器做分期排序，提出它们分别代表旧石器时代早期、中期和晚期的文化，中国旧石器时代三期断代的雏形就此诞生。体质人类学家魏敦瑞在研究北京猿人的头骨时，提出世界不同地区存在从古至今4个人类演化世系，这成为“多地区进化说”的雏形。
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