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食品发酵是人类历史上最古老的利用微生物进行生产实践的行为，不同族群文化对食品发酵有各自的偏好，生业模式的转变及农业发展也和发酵技术的演变息息相关。发酵奶制品很可能是最早出现的发酵食品，尽管人类食用发酵奶制品的历史悠久，但目前关于人类历史上对发酵微生物的应用和技术交流历史，以及发酵微生物本身的演化过程，特别是发酵微生物在长时间驯化条件下功能性基因的演变知之甚少。
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