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草堰港遗址遗迹主要有灰坑、房址、栅栏等，已清理灰坑数量150余处，过半数坑内填埋木材，木材绝大多数为栎树等适用于建材的树种，部分可见榫卯结构。部分灰坑用席子铺底，可能为贮藏坑。目前已清理的房址多用芦苇与木材作为建筑材料，其中编号为F4的遗迹主体由木栅栏、芦苇栅栏等构成，芦苇栅栏残存长度超过5米。
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