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细胞核内包含细胞的染色体和核仁。核糖体DNA（rDNA）就储存在核仁中。rDNA是基因组中最脆弱的部分之一，且一旦受损很难维护和修复。如果rDNA的损伤没有得到准确修复，就可能导致染色体重排和细胞死亡。
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用于重排基因组中长DNA序列的可编程系统，是基因组设计领域的有用工具。大规模基因组重排通常由重组酶（催化DNA断裂和重组）或转座酶（将DNA片段从一个位置移动到另一位置）来完成。如果这些酶可通过编程靶向特定位点，就可能成为有效的基因组编辑工具。
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