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当然，另一方面，不应忽视的是韩国检察官强大的直接侦查职能。仍以首尔中央地检厅为例，其内设机构除刑事部之外，还内设有多个自行、直接侦查部门，如调查部、强力部等等。综合而言，韩国检察官自行、直接侦查的案件都是疑难、严重的罪案，包括：调查部负责侦办告诉、告发等严重犯罪案件；外事部负责侦办涉外刑事案件；特别搜查部负责侦办贪渎、经济犯罪及其他白领犯罪等重大刑案；强力部主要负责侦办有组织犯罪以及暴力犯罪；麻药组织犯罪搜查部负责侦办毒品犯罪案件；尖端犯罪搜查部负责侦办电脑、科技犯罪。此外，对于在公诉和审判中衍生的犯罪案件典型如伪证罪，则由公判部自行、直接侦查。也就是说，韩国传统的公诉部门，其实也在行使侦查职能。
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