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巴楚县地处贯穿塔克拉玛干沙漠叶尔羌河中游，和田河和叶尔羌河两条河流将沙漠分割成三部分，其中，和田河来水量较小，虽然阻隔了沙漠，但无法在河岸两侧形成宽阔的绿洲带。沙漠虽然被叶尔羌河两侧的绿洲阻隔，但是在风力的作用下，沙丘仍然在侵蚀道路和乡村。
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