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无法与人工准则模型进行“组装”，也是“一段式端到端”不可忽视的缺点，尤其是涉及安全的准则模型。另外，还有数据要求质量高＋数量大、算力难题、算法难题、可解释性难题、模型设计难题、上车难题等挑战。同时，“一段式端到端”系统，比分层的端到端更难收集“长尾问题”数据，也会影响模型迭代。
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借助AI虚拟细胞，癌症生物学家可以模拟某些突变如何将健康细胞转变为恶性细胞，微生物学家能够预测病毒对感染细胞乃至宿主身体的影响，医生能在患者的“数字孪生体”上测试治疗方法，从而加速实现人们期待已久的更快速、更经济、更安全的个性化医疗目标。
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