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丁澦指出，相对于生物大分子药物，靶向蛋白降解药物与蛋白质的接触表面积非常小，因此，如何提高降解效率和特异性、降低脱靶效应，是当前研究中需要解决的关键问题。此外，相关技术的临床转化也面临诸多挑战，包括药物的稳定性、药代动力学性质以及长期使用的潜在毒性等，都需进一步验证。
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