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彼时RUSH系统仍然面临一系列瓶颈，包括如何利用二维传感器实现高速三维成像、如何避免激光长时间照射所引起的细胞损伤（即光毒性）从而实现长时程高速观测、如何克服复杂成像环境导致的光学像差与背景干扰、如何提升弱光条件下的成像信噪比、如何高效处理大规模介观数据等。“每一项技术瓶颈本身都是生物医学成像领域的国际难题，而如何在同一系统上同时解决这些活体成像壁垒，是一个更为艰巨的挑战。”戴琼海介绍。
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近年来，人工智能技术正成为发现新靶点的利器。例如，中国科学院上海药物研究所郑明月等研究团队发展“脸谱识别”新算法，通过提取化学结构特征、基因变化特征、药物活性特征来关联比对查明新靶点。这一技术成功用于寻找抗肿瘤老药甲氨蝶呤的免疫靶点。
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