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团队采用了名为RFdiffusion的技术来创建含有复杂催化位点的蛋白质，并使用PLACER评估这些蛋白质的活性位点组织情况。最终，他们成功设计出了功能性丝氨酸水解酶，这些酶仅需最小化的活性位点规范就能有效地催化酯水解反应。此外，这种方法还在低通量筛选过程中发现了5种全新的酶折叠方式，这些方式不同于任何已知的天然丝氨酸水解酶中的折叠，极大地扩展了这一古老酶家族的结构多样性。
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佩恩研究了一种罕见的皮肤病黏膜寻常型天疱疮。这种疾病由免疫系统错误地将人体自身的桥粒芯蛋白3解释为“外来的”并产生抗体对其发动攻击而引起。目前治疗天疱疮的标准疗法是单克隆抗体，其作用是破坏B细胞。随着B细胞消失，靶向桥粒芯蛋白3的抗体消失，患者病情缓解，但这一疗法目前效率低下。
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