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研究发现，自新石器时代晚期以来，中原地区未出现明显的人群遗传结构改变，未受到印欧、匈奴和鲜卑等人群的显著影响，人群遗传呈现相对稳定性。研究中发现的唯一遗传离群值是一个可以追溯到明清时期的个体，该个体遗传特征与一些现代中国南方少数民族人群相对同质。鉴于所有古代中原样本和今天生活在中原的汉族人群都没有表现出如此高比例的东亚南方血统，研究人员认为该离群个体不太可能代表明清时期中原地区的主要遗传谱系，更可能是来自华南的移民，比如历史上清政府曾派遣大批被称为“闽营”的福建军民到中原进行开垦。
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