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随后，研究人员成功将表皮葡萄球菌转化为一种可局部应用的“即涂即用”活体疫苗。他们发现，表皮葡萄球菌中的Aap蛋白是引发强烈免疫反应的关键部分。其巨大的树状结构足以将“树枝”从细菌的细胞壁伸出，从而将外层部分暴露给免疫系统的“哨兵”细胞，进而触发抗体反应。
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薛其坤非常看重对学生的培养。清华大学物理系教授肖志刚说，碰到写文章不太认真的学生，薛老师会要求学生反复修改论文，且每一个版本都发给他，他会一一对照其中的差别；学生科研遇到困难，他又会及时鼓励，并给他们送去指导。这些年来，薛其坤率领的团队成员或培养的学生中有1人当选中国科学院院士，30余人次入选国家级人才计划。
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