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蛇类遗存在考古遗址中也非常罕见。北京周口店猿人遗址出土有爬行类蛇舅母科动物（蛇和蜥蜴之间的过渡物种）的化石，表明古人类与蛇类相伴相行的历史久远。广西左江流域贝丘遗址出土距今6000年的蛇类遗存，包括缅甸蟒、眼镜王蛇、百花锦蛇等，其中缅甸蟒的长度可达4.58米，远比现生同类蛇的体型要大。陕西商洛紫荆遗址的年代为距今7000—4200年，出土有游蛇科动物。江苏张家港东山村遗址距今6300—6000年的马家浜文化层里出土有少量蛇类遗存。
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